Alla sua morte, avvenuta nel 1956, Emil Bührle non lascia disposizioni in merito alle opere della sua collezione. Nel 1960, quattro anni dopo la sua morte, la vedova Charlotte Bührle-Schalk e i figli istituiscono la Fondazione Collezione E. G. Bührle con sede a Zurigo, facendovi confluire circa un terzo delle opere della collezione, 221 su 633. Le altre rimangono in mani private. Con questa scelta, assicurano che la struttura pensata da Emil Bührle e la completezza della collezione siano conservate nella fondazione, allestita nella villa di famiglia in Zollikerstrasse 172 a Zurigo. Dall’aprile del 1960 alla fine di maggio del 2015, questa sede è stata aperta al pubblico. Tra il 1961 e il 2019, parti della collezione sono state esposte in diversi musei negli Stati Uniti, in Canada, Scozia, Regno Unito, Francia, Germania e Giappone.
Con il movimento del Sessantotto e l’«affaire Bührle» del 1970, in seguito al quale il figlio Dieter Bührle fu condannato per esportazioni di armi illegali verso il Sudafrica e la Nigeria, fino a metà degli anni Novanta la Zürcher Kunstgesellschaft ha preso le distanze dalla Fondazione Collezione E. G. Bührle.
Nel 2005 si è iniziato a progettare un nuovo ampliamento del Kunsthaus sul lato opposto di Heimplatz, che ha portato a un riavvicinamento. Dopo alcune riunioni alla fine degli anni Novanta, nel 2006 viene firmato un primo accordo di massima tra la Fondazione Collezione E. G. Bührle, la Kunstgesellschaft e la famiglia dei donatori. Il progetto prevede il trasferimento delle opere della fondazione nel futuro nuovo edificio. Il consiglio comunale di Zurigo e i cittadini hanno appoggiato questo accordo nella votazione del 2012 con una percentuale del 53,9 % di voti favorevoli e un’affluenza del 36,5 %. Nel 2021 si è inaugurato il nuovo edificio progettato da Sir David Chipperfield. Vi è stata integrata la Collezione Emil Bührle.
La preparazione e il trasferimento della collezione della fondazione nel Kunsthaus Zürich sono stati accompagnati da forti critiche. Lo Schwarzbuch Bührle (Libro nero Bührle), pubblicato nel 2015 da Guido Magnaguagno e Thomas Buomberger, esprime un giudizio molto critico sul ruolo di Bührle nella politica e nella società, affrontando anche il tema, legato a Bührle, dell’arte depredata e dei beni culturali confiscati dalla persecuzione nazista. Nel 2016, la città e il cantone di Zurigo hanno incaricato un team guidato dallo storico Matthieu Leimgruber per contestualizzare la collezione di Emil Bührle. Il loro resoconto appare nel 2020 e rende visibili gli intrecci di Emil Bührle sia come fabbricante di armi sia come collezionista d’arte, con la sua fitta rete di conoscenze in Svizzera e a livello internazionale. Nel 2021 lo storico Erich Keller pubblica il volume di saggi Das kontaminierte Museum (Il museo contaminato), dove il marketing politico urbano, gli sviluppi contemporanei sul tema dell’arte depredata, e la cultura della memoria in Svizzera con riferimento alla seconda guerra mondiale si uniscono in un’unica voce di grande rilievo.
La collezione della fondazione si è trovata al centro del dibattito pubblico con il trasferimento al Kunsthaus. Nei media e nell’opinione pubblica si è scatenata un’accesa discussione: la collezione deve essere esposta in un museo finanziato non solo da privati, ma anche da denaro pubblico? La collezione contiene ancora arte depredata e opere di dubbia provenienza? Come ha potuto uno Stato neutrale come la Svizzera permettere a Bührle di vendere armi ai nazionalsocialisti? Le opere acquistate da Bührle devono sparire tutte dalla vista del pubblico, poiché gran parte del suo patrimonio è stato accumulato sulla base di relazioni commerciali con lo stato nazista?
A seguito delle accese controverse sociali, mediatiche e politiche circa la presentazione pubblica della Collezione Emil Bührle nel nuovo edificio, la città e il cantone di Zurigo con la Zürcher Kunstgesellschaft organizzano una tavola rotonda guidata da Felix Uhlmann, che incarica lo storico Raphael Gross di condurre verifiche e ricerche sulla provenienza delle opere della Fondazione Collezione E. G. Bührle. Il resoconto è atteso per l’estate 2024.