Nel 1960 gli eredi di Bührle hanno trasferito un terzo della collezione alla Fondazione Collezione E. G. Bührle, rendendola accessibile al pubblico in una villa sulla Zollikerstrasse a Zurigo. Dal 2021 questo nucleo di opere è esposto come prestito permanente al Kunsthaus Zürich.
Le controversie relative alla Collezione Emil Bührle riguardano alcune opere che in passato erano di proprietà di persone di origine ebraica perseguitate durante il periodo nazista. Un ulteriore motivo di dibattito è il fatto che Bührle ha agito da imprenditore opportunista per accumulare la sua fortuna, gran parte della quale deriva, tra l’altro, dalla vendita di armi alla Germania nazista.